Um domínio caracteriza-se por ser um nome que identifica o endereço de computadores na net, exemplificando domínio é a URL, o endereço de seu site. Quando você cria um site, você automaticamente está criando um domínio.
Já subdomínio é um endereço de ramificações de seu domínio principal. Ex: seu domínio é www.blogdicas.com.br, com o subdomínio você pode criar www.seunome.blogdicas.com.br.
Entre as vantagens de ter um domínio e subdomínio é que você pode fazer com que o usuário registre e deixe em sua mente aquele domínio, você pode deixar de lado o subdomínio em casos de punição sem que haja punição do domínio inteiro. Já entre as desvantagens, para o status um subdomínio não é legal, isso em termos de publicidade. Outro ponto negativo será através das visitações, se você está acostumado com seu domínio bombeando, esqueça se você acha que o subdomínio terá o mesmo resultado sem fazer muito esforço.